Действие происходит в 1786 году, за полтора века до событий первой игры. Играем за священника Джонатана Прайя, который прибыл в Блэр (который позже станет Бёркиттсвиллем). Местные жители обвинили в ведьмовстве некую Элли Кедвард, связали и вывезли за пределы города, оставив умирать в лесу. Однако тела её после не нашли. Зато в городе стали исчезать дети. Джонатану предстоит во всём произошедшем разобраться.
     На сей раз квестовой составляющей совсем мало, игра ещё больше уходит в экшн, где для битв позволяется применять разные виды магии.