Дело происходит в недалёком будущем (примерно 20 лет вперёд) в разгар продовольственного кризиса на Земле. Главный герой этой истории - морской биолог из компании SeaSource Уилл Стюарт, который с помощью некоего подводного растения хочет накормить весь мир. Вместе с командой субмарины он плавает где-то в Индийском океане. Среди других персонажей (команда): Ларри Локхарт («финансово» ответственный за проект), Лиза Перетти (острая на язычок экс-лейтенант ВВС), Стивен Вульфф («главный инженер проекта» - ваше всё), а также (уже не команда) «говорящая голова» Саманта Адамс, сенатор Джейн Эбботт и Стивен Локхарт (папочка Ларри и глава SeaSource в одном лице).
     В ходе исследований они обнаруживают за очередным рифом затонувший много лет назад мифический «Наутилус». После того, как их собственный корабль выходит из строя, команда во главе со Стюартом вынуждена загрузиться в «Наутилус» и попробовать чудо древней техники в деле. Пока рулевой под руководством призрака капитана Немо осваивает рули и сбивает свои первые кораллы, за «Наутилусом» начинается охота. Пираты, американские ВВС и громадные морские чудовища преследуют антикварную субмарину с ценной технической начинкой внутри. «Наутилус» проплывёт над Атлатидой, минует Фиджи и Южный Полюс, нырнёт в Марианскую впадину и увидит затерянный остров в форме исполинского черепа...
     Кажется, я сказал «увидит»? Увы, ни «Наутилус» от SouthPeak, ни его команда уже ничего не увидит. И их самих теперь можно лицезреть только на демонстрационном диске с одной из выставок E3 и на немногочисленных скриншотах. Проект, который Ли Шелдон (Lee Sheldon) начал делать ещё в Sanctuary Woods, а в 99-м покинул, в марте 2000 года был закрыт. Надежды на то, что игру «доделает» другая компания, не оправдались.