Действие будет происходить в замке Clos Lucé (aka Manoir du Cloux) близ Амбруаза, где последние годы жил и умер Леонардо да Винчи (Leonardo da Vinci). Главный герой - Вальдо, подмастерье ученика Да Винчи, Франческо Мельци. Вальдо только что был уволен, и, будучи в расстройстве, получает послание от таинственного покровителя. Тот просит его об услуге: найти утраченный кодекс Да Винчи. Чтобы проникнуть в замок мастера, он представляется теперешнему его хозяину, Бабу де Бурдазьеру, подмастерьем Франческо Мельци, и хочет посмотреть на изобретения, ещё оставшиеся в замке. В ходе исследования Вальдо познакомится не только с хозяином, но и с весьма подозрительным слугой Сатурнином и даже с королём Франции Франсуа I. На пути к цели у него будет возможность поразгадывать тайны, скрытые в произведениях Леонардо да Винчи, на работах которого и основаны головоломки. Разработчики предусмотрели нелинейное развитие сюжета в зависимости от действий игрока: его «добрых» и «недобрых» поступков. От этого также будет зависеть концовка. Благодаря сотрудничеству авторов с парком Clos Lucé, интерьеры замка в игре исторически достоверны, а работы да Винчи точно как оригиналы.