События игры происходят два года спустя после описанных в Another Code: The Two Memories, которая выходила только на Nintendo DS. Сюжет таков: в конце летних каникул девушка-подросток Эшли получает письмо от своего отца. Он приглашает её прихать в Лэйк Джулиет, чтобы провести вместе выходные. Странно, ведь он всегда старался дистанцироваться от неё, особенно после того, как стал работать над системой управления памятью «Another», при работе над которой умерла мать Эшли. По прибытии Эшли начинает вспоминать, что она уже была здесь с матерью тринадцать лет назад, когда ей было всего три года...